Letona y Leibar señalan que en el monte Udalaitz existe una cueva o cavidad en la que según la tradición vivió y murió San Valerio tras ser desterrado de Zaragoza por Daciano a finales del siglo III. San Valerio y su discípulo San Vicente, se refugiaron en una cueva de Galarracercana al actual caserío Galarraga. La leyenda señala que San Valerio murió y fue enterrado allí. La realidad es que este obispo de Zaragoza murió desterrado en Anet, en las Galias, en el 315. Sus reliquias se trasladaron a Zaragoza en 1170, ciudad de la que es copatrono. Según cuenta Garibay, “en sus tiempos, los mineros tenían mucha devoción a San Valerio” y que “en su honor y según costumbre heredada de sus antepasados, se abstenían de trabajar todos los jueves del año”.
La ermita se encuentra en el antiguo camino que conduce de Arrasate a Elorrio por el barrio de Iguria, a unos 3 kilómetros de la parroquia. Parece vincularse a las necesidades espirituales y asociación profesional de los mineros que trabajaban en un fructífero coto de las inmediaciones organizados, al menos desde 1548, en una cofradía de venaqueros para defender sus intereses económicos. El Real Diccionario de la Lengua de 1737 recoge citando a Garibay “Los benaqueros de Mondragón que son gentes que por causa de su oficio que es de sacar debajo de tierra metales de acero i hierro, son diestros en romper …”.
Esta ermita consta en las Ordenanzas Mineras o de los Venaqueros del 9 de agosto de 1434 redactadas sobre la manera de beneficiar las veneras del monte de Zaraa. Fueron confirmadas por el rey Juan II en Medina del Campo a 29 de agosto de 1437, lo que prueba el uso que hacían los habitantes de estos minerales habida cuenta que aquí tenía su sede la cofradía de mineros del valle. En los documentos de las ordenanzas de la primera Cofradía de San Balerio en Beneras señalaban "Toda venera hallada por una persona será como de su propiedad, y se perderá por su abandono durante un año y un dia" y “... si un hombre es acusado de hurto o de producir daños en las veneras deberá acudir ante la iglesia de San Valerio antes de pasados tres dias, para jurar. Si rehusase o jurase haber transgredido la ordenanza se le declarará culpable del daño"
En el Libro de Visitas de 1556 se le llama Ermita de San Balerian y a unos 100 metros de la ermita, había una cruz de piedra lugar donde se hacía la famosa feria de Santo Tomás. Un hecho tan luctuoso como fue la muerte de dos personas acuchilladas en el transcurso de una reyerta, fue la causa de que la tradicional feria y romería de Santo Tomás se trasladara del barrio de Mietzerreka o Veneras, donde se venía celebrando tradicionalmente, al centro de Mondragón. Este desgraciado suceso, registrado en Mietzerreka a principios del siglo XVIII, fue el desencadenante de una orden Foral de 1727 de las Juntas Generales de Guipúzcoa celebrada en Villafranca que prohibió, a partir de ese momento, la celebración de ferias en despoblados debiendo pasarse al centro de sus respectivas poblaciones.La Feria de Santo Tomás duraba tres días y, como recuerdo de los hechos, quedan las dos cruces que se levantan en Mietzerreka.
Alberto Santana hace una descripción del edificio “Externamente es un edificio construido con muros de sillarejo irregular mal escuadrado que definen una planta rectangular dividida internamente en dos tramos: nave y presbiterio. Se accede a él a través de un arco apuntado de arista viva, abierto en el flanco sur. Los soportes de la estructura interna son dos pares de gruesos postes en rollo adosados a los muros laterales, montados sobre poyos cúbicos. Sobre ellos apean dos de las cerchas de la armadura de cubierta y la tribuna del coro. Los postes presentan en sus caras internas, las típicas cajas dobles que en la carpintería vasca del siglo XVI sirven para encajar las espigas de una jácena o una gruesa carrera, auxiliada por jabalcones y que probablemente sirvieron en este caso para asentar un coro de gran profundidad que hoy ha desaparecido”
El presbiterio presenta bóveda enervada de madera, con pechinas y florones decorados, construida en 1853. Altar central con retablo pintado imitando mármol (una inscripción indica que fue realizado en 1827). En los vanos, de derecha a izquierda, cinco bultos: Santo Tomás, San Valerio, San Liborio, San Sebastián, y Santa Catalina. En un costado, a la derecha, talla de la Dolorosa, que popularmente llaman Dorleta y que antaño se ubicaba en un humilladero cercano a la ermita. Del techo pende una barca como exvoto. Púlpito a la izquierda del templo y coro (construido en 1852). En la pared izquierda y junto al púlpito, un cuadro de la Virgen Dolorosa y otro de San Liborio mal conservado en cuya parte inferior parece leerse: S. LIBORIO OBPO CENOMEN5E ENERANCIA ABOGADO DEL ACHAOUE DE RETENCION DE URINA MAL DE PIEDRA I DOLOR DE HIJADO ES SU DIA A 23 DE JUL: CELEBRASE CON MISA DE CONF. CON ESTA ORACIÓN: CHRISTI PRESULEGREJUS”. Sacristía adosada a la pared izquierda, obra de 1880.
En el pórtico se celebraba cada tres meses la reunión de la Hermandad de Ganaderos (hoy se efectúa en la sociedad del barrio). El techo se derrumbó el 8 de febrero de 1986 y el primero de marzo del mismo año se iniciaron las obras de restauración integral de la ermita con metodología arqueológica, comprobándose que, en su origen, se trató de un edificio construido casi totalmente en madera, incluidos los cierres de fachada. La Diputación Foral de Gipuzkoa colaboró con 16.386.101 ptas.
Rezando en la ermita se curan y evitan los dolores de muelas y cabeza. Para ello, los fieles dan tres vueltas alrededor del altar y rezan otras tantas avemarías, ponen una vela o entregan una limosna.Hasta la Guerra Civil, Antonia ZanguituOregui (1884-1963) fue su última serora quien una vez al año recorría los caseríos de los alrededores en demanda de donativos. Hacia 1963 desapareció la cofradía de la ermita.Antiguamente se celebraban tres misas: San Roque (16 agosto), la Candelaria (2 febrero) y San Velero (28 enero con trikitixa y campeonato de bolos). Hoy se hace el domingo más cercano a la festividad del titular, el día de San Isidro Labrador (15 de mayo) y el domingo posterior a la festividad de los Fieles Difuntos en memoria de los fallecidos del barrio.
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